Em 1873 dá-se a criação de cortes de apelação em diversas províncias, configurando-se um avanço no Judiciário brasileiro. A região Norte, incluindo o Amapá, ficou sob jurisdição do Tribunal de Relação do Pará e Amazonas. A mudança jurídico-administrativa impulsionou consideravelmente a criação e instalação de diversas comarcas nos anos subsequentes.
Em 1889 a vila de Mazagão foi elevada à categoria de cidade e teve seu termo judiciário transformado em comarca, permanecendo sob jurisdição do então Tribunal Superior de Justiça do Pará, nomenclatura alterada em 1891.
Posteriormente, em 1901, constituíram-se no território de Aricary (área do Contestado Franco-brasileiro) os municípios de Amapá e Montenegro e neles a Comarca de Aricary, instalada em 1902, com seu respectivo distrito judiciário. Inicialmente a comarca de Aricary abrangia tanto os municípios recém-criado, como também diversos povoados distribuídos pela região, tais como as localidades de Oyapock, Cunany, Lago Redondo, Aporema, Alto Araguari e Terra Firme.
Neste percurso jurídico, também se registraram retrocessos, a exemplo do ocorrido em Mazagão nas primeiras décadas do séc. XX. Em 1916 a sede do município mudou de nome - passando a chamar-se “Mazaganópolis” - e perdeu a categoria de sede da comarca, constituindo-se no 2º distrito judiciário da comarca de Macapá. A comarca vivia momentos de instabilidades e ante a situação adversa, o Tribunal Superior de Justiça de Pará resolveu oficialmente extinguir, em 1919, a comarca de Mazagão, passando novamente o Termo de Mazaganópolis a pertencer a Comarca de Macapá. Por sua vez, em 1931 a comarca de Aricary também foi reclassificada como distrito judicial da comarca de Macapá e o termo de Montenegro (Aricary) passou a ser designado “Amapá”.
Em 1934 o Tribunal Superior de Justiça do Pará passa a chamar-se Corte de Apelação do Pará. Anos depois, em 1937, mais uma mudança e a Corte passa a ser chamada Tribunal de Apelação do Estado do Pará.
No último quinquênio (1939-1943) que antecedeu a criação do Território Federal do Amapá a comarca de Macapá era única e abarcava toda a vastidão do território. Em relação a sua organização, era composta pelos termos judiciários de Macapá, Amapá e Mazagão. O termo de Macapá estava dividido em: distrito Macapá (subdividido em 5 zonas); distrito de Amapari (ex zona Araguarí); e distrito de Bailique. O termo de Amapá era integrado unicamente pelo distrito de Amapá (subdividido em 3 zonas). O termo de Mazagão estava dividido em: distrito de Mazagão; distrito de Mazagão-Velho (subdividido em 4 zonas); e distrito de Sacramento (subdividido em 2 zonas). O Território Federal do Amapá foi administrativamente oficializado em 1943, no entanto, permaneceu juridicamente atrelado ao Pará até 1945, época em que a jurisdição é transferida ao Tribunal de Apelação do Distrito Federal, na época localizado no Rio de Janeiro.
No tempo em que integrava o Pará (período colonial-1943), que por sua vez estava juridicamente vinculada ao Tribunal da Relação do Pará, posteriormente redesignado com outras nomenclaturas, produziu-se no território amapaense diversos documentos notariais e judiciais (cíveis criminais), tendo parte deles sobrevivido ao tempo sendo, posteriormente, incorporado ao acervo de guarda permanente do Tribunal de Justiça do Estado do Amapá.